В 5:30 утра 7 июня 1908 года на железнодорожный вокзал города Владимира прибыл необычный поезд. Он вышел в путь из Грузии 2 июня. В единственном вагоне-церкви поезда везли запаянный цинковый гроб. В нем лежали останки бывшего архиепископа Владимирского и Суздальского, главы Грузинского Экзархата, 47-летнего Никона (Софийского), застреленного неизвестным из пистолета в Тифлисе (Тбилиси) на пороге синодальной конторы 28 мая того же года.
За три года до убийства в своем завещании Никон распорядился в случае смерти похоронить его в Успенском соборе города Владимира — там, где он 7 лет руководил духовной семинарией, полтора года возглавлял епархиальную кафедру, и где в 1895 году на него уже было совершено одно покушение.
Никон (Николай) Софийский родился в 1861 году в Костромской глубинке в большой семье сельского священника. Беды, казалось, преследовали его, почти всю жизнь. Отец рано умер, детство прошло среди крайне нужды. После окончания духовного училища и Костромской семинарии, женился и стал сельским священником под городом Макарьевым Костромской губернии. Через год и три месяца в 1884 году внезапно умерла жена.
После этой трагедии, Никон оставил приход, поступил в Санкт-Петербургскую духовную Академию, в 1887 году принял монашество, с 1888 года служил инспектором Питерской семинарии, а в марте 1891 года был назначен ректором Владимирской духовной семинарии и руководил ей 7 лет.
Времена его ректорства во Владимире оцениваются очень неоднозначно, как и сама фигура Никона. Многие отмечают чрезмерную строгость, переходящую в жестокость. Митрополит Евлогий (Георгиевский), которому в те годы пришлось работать во Владимирской семинарии инспектором, в книге «Путь моей жизни» отмечает, что Софийский был человек честный и умный, однако замкнувшийся в «рамках строгой законности», страдавший от своего вынужденного монашества:
Сам Никон Софийский говорил, что своей строгостью пытался направить мальчишек на путь истинный: «Строжил я для вразумления и исправления. Но все строгие взыскания, предписываемые законом и совестью, я всегда растворял милостью».
Репрессивный стиль управления «бурсой», атмосфера постоянного страха, в которой училось пять сотен подростков, уже зараженных духом либерализма, выливался в периодические недовольства воспитанников, которые принимали порой радикальные формы.
9 мая 1895 года во Владимире произошло исключительное событие, весть о котором разлетелась далеко за пределы губернии. Великовозрастный воспитанник 2 класса, 17-летний С., выждал, когда ректор вышел из церкви с обедни и отправился в свой любимый цветник около дома, подошел к нему сзади с топором.
«Воспользовавшись мгновением, когда тот наклонился над клумбой, подбежал и с размаху ударил его топором по голове… Размахнулся вторично: топор сорвался, в руке осталось топорище… Клобук оказался "шлемом спасения", о. Никон отделался сравнительно легкой раной — задеты были лишь внешние покровы головы; но все же из-под клобука хлынула кровь. Он упал… Приподнявшись, успел еще крикнуть: "За что ты меня?.." — "Простите, Христа ради"…— пролепетал С. Со всех сторон сбежались семинаристы и схватили преступника. Прибыл доктор, нагрянула полиция, собралась большая толпа народу, поднялся крик… Одни ругали начальство, другие — семинаристов. Кто-то кричал "бей!". Возбуждение росло… Пришлось пригнать солдат, жандармов… Приехала прокуратура.
Вид крови и зловещие признаки предстоящей расправы ожесточили семинаристов: они озверели и на следующую ночь чуть было не закололи вилами помощника инспектора», - описывал происходящее митрополит Евлогий (Георгиевский).
После этого семинария была временно закрыта. Началось следствие. Был уволен инспектор «бурсы». Никону предложили уйти со своего поста, но он отказался. Семинариста, покушавшегося на Никона, посадили в сумасшедший дом. Еще 75 воспитанников исключили: кого-то с правом восстановления, кого-то с «волчьим билетом».
Справедливости ради нужно отметить, что Никон простил подростка: через три месяца по его настоянию он был выпущен из сумасшедшего дома, а позднее, когда Никон вступил в сан Владимирского архиепископа, назначил его псаломщиком.
Софийский оставался у руководства владимирской семинарией еще 3 года. С 1898 года в течении 6 лет он занимал должность епископа в разных епархиях, а в ноябре 1904 года вернулся на владимирскую землю в должности архиепископа Владимирского и Суздальского.
К этому времени это был уже другой человек. Владимирские газеты того времени подмечали перемены, которые произошли с Никоном. Репортеры упоминают о его заботе о владимирской семинарии и семинаристах-бунтарях в 1905 году, описывают его вклад в строительство нового здания женского духовного училища и владимирского ночлежного дома, отмечают проникновенные проповеди архиепископа, его сильный голос. Газеты писали, что Софийский пользовался «широкой популярностью у горожан».
Правда, долго возглавлять владимирскую епархиальную кафедру Никону не пришлось. В июне 1906 года по воле Синода он стал Архиепископом Карталинским и Кахетинским со званием Экзарха Грузии.
По сути это было почетным назначением в «горячую точку». Борьба грузинской церкви за независимость, которую она потеряла в 1811 году, в те годы была обострена до предела. Никон лично получил из Грузии предупреждения «на Кавказ не ездить», но от назначения не отказался. С первых дней пребывания в Тифлисе большая часть грузинских священников ему устроила бойкот, в газетах началась травля, некоторые епископы напомнили экзарху, что «кроме браунингов и кинжалов есть в Тифлисе река Кура, куда бросали даже митрополитов».
Настаивая на невозможности грузинской автокефалии, Никон начал проводить гибкую политику: инициировал реставрацию грузинских храмов, помогал школам, ввел преподавание богословие в училищах на грузинском языке, начал исправление грузинских богослужебных книг.
Чувствуя благожелательность экзарха, грузинские священники перестали его бойкотировать, однако радикальные сторонники грузинской автокефалии не смирились и «вынесли» Никону смертный приговор. 28 мая 1908 года на ступенях Грузино-Имеретинской Синодальной конторы в Тбилиси он был застрелен из пистолета неизвестным. По имеющимся данным, в экзарха попало 8 пуль, через полчаса после покушения он умер.
Свое духовное завещание Никон Софийкий составил еще в 1905 году, в разгар первой русской революции. В нем, уже предчувствуя что-то нехорошее, Никон завещал в случае своей гибели похоронить его «как Епархиального Архиерея, в главном древнем Кафедральном соборе, где окажется более удобным и приличным».
Как описывают газеты, 7 июня 1908 года, во время прибытия траурного поезда из Тифлиса, на владимирский вокзал пришло почти все духовенство города. В вагоне-церкви была отслужена лития, после чего запаянный гроб на носилках понесли к Успенскому собору. По описаниям, весь вал Рождественского монастыря был облеплен в это время горожанами, по улицам Владимира стояли войска, а за ними толпы народа. Два духовых оркестра всю дорогу до собора исполняли гимн «Коль славен наш Господь в Сионе». На всех церквах звонили колокола, около каждого храма траурная процессия останавливалась для кратких заупокойных литий.
В 7 часов в Успенском соборе началась литургия. Слова о покойном сказал новый архиепископ Владимирский и Суздальский Николай, с которым Никон фактически поменялся местами (Николай до Софийского был эксзархом Грузии). После его речи, как написано в газетах, весь собор огласился «стоном рыданий».
После панихиды гроб Никона обнесли вокруг собора, после чего похоронили на юго-западном углу храма, около гробницы архиепископа Владимирского и Суздальского Сергия Спасского.
В некоторых источниках указывается, что похороны Никона Софийского снимали на кинопленку, и позднее был сделан документальный фильм. Судьба этой ленты до сих пор неизвестна.
Убийца экзарха Грузии найден так и не был.